Cuando emites una factura PPD (a crédito) y tu cliente te paga, el SAT te obliga a emitir un Recibo Electrónico de Pago (REP). FacturaPoint lo arma por ti.
El comprobante de Pago siempre va en importe $0 a nivel factura: el monto real vive dentro del complemento. Así lo exige el SAT.
En cuanto el REP cubre el total, la factura original cambia a Pagada en tu listado. Si el pago fue parcial, aparece como Parcial.